Not very nice logo, but the first author insisted on it. The last author thinks it could be much better. Or the pure text instead.

RNAProbe - a web server for normalization and analysis of RNA structure probing data. You can take a (quick) NAP, while we analyze your data :)

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Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeAdenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_mode-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.000.230.090.050.100.120.030.060.060.040.100.050.050.090.500.050.050.010.010.040.060.070.090.100.110.020.110.261.000.220.040.050.020.030.010.020.020.090.130.641.000.840.091.000.030.000.000.020.050.040.010.010.020.131.001.000.260.060.000.000.010.020.010.010.030.040.310.270.040.040.040.010.000.000.020.010.040.02-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00
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Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeRNAstructure_ProbKnot...((((....)))).((((((((((...(((((((......).))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...(((((((......).))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeRNAstructure_Fold...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeCentroidFold...((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeCONTRAfold...((((....)))).((((((((((..((((((((......).))))))((....))((((((.......)))))).))))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((..((((((((......).))))))((....))((((((.......)))))).))))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeIPknot...((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeLinearfold_C...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeLinearfold_V...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo8_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_modeConsensus_from_predictions...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).



Barplot with normalized reactivities

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Heatmap with normalized reactivities

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Secondary structure predictions

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities:

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - radiate representation:

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Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - circular representation:

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Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - linear representation

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Other secondary structure predictions methods and visualisations

Reactivity mapping to structures predicted by other methods are also ready to display or download. Secondary structure to display and copy to clipboard, links to external tools (SimRNAweb )

Analysis mode: cmct; outfilename core: Adenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_mode.