Not very nice logo, but the first author insisted on it. The last author thinks it could be much better. Or the pure text instead.

RNAProbe - a web server for normalization and analysis of RNA structure probing data. You can take a (quick) NAP, while we analyze your data :)

NameMethodFilenamesFull string
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structAdenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_modeGGGGGCCUUCGGGCCAACGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUGUCGAUCCGGUUCGCCGGAUCCAAAUCGGGCUUCGGUCCGGUUCGGGGGCCUUCGGGCCAACGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUGUCGAUCCGGUUCGCCGGAUCCAAAUCGGGCUUCGGUCCGGUUC
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structAdenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_mode-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.000.230.090.050.100.120.030.060.060.040.100.050.050.090.500.050.050.010.010.040.060.070.090.100.110.020.110.261.000.220.040.050.020.030.010.020.020.090.130.641.000.840.091.000.030.000.000.020.050.040.010.010.020.131.001.000.260.060.000.000.010.020.010.010.030.040.310.270.040.040.040.010.000.000.020.010.040.02-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00-1.00
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structRNAstructure_Fold_CMCTAdenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_mode...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structUser_provided_Secondary_Structure................((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..))))))))))..........................................................((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..))))))))))..........................................
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structRNAfold...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structRNAstructure_ProbKnot...((((....)))).((((((((((...(((((((......).))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...(((((((......).))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structRNAstructure_Fold...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structCentroidFold...((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structCONTRAfold...((((....)))).((((((((((..((((((((......).))))))((....))((((((.......)))))).))))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((..((((((((......).))))))((....))((((((.......)))))).))))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structIPknot...((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((....(((((.........))))).........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structLinearfold_C...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structLinearfold_V...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).
Demo9_Adenine_RIboswitch_no_ligand_CMCT_mode_uesr_provided_se_structConsensus_from_predictions...((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....))))))))....((((....)))).((((((((((...((((((.........))))))........((((((.......))))))..)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((....)))))))).



Barplot with normalized reactivities

Download the high resolution image

Heatmap with normalized reactivities

Download the high resolution image


CMCT reactivities mapped to the provided secondary structure

User-provided structure, mapping based on CMCT reactivities - radiate representation:

Download the high resolution image

User-provided structure, mapping based on CMCT reactivities - circular representation:

Download the high resolution image

User-provided structure, mapping based on CMCT reactivities - linear representation:


Secondary structure predictions

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities:

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - radiate representation:

Download the high resolution image

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - circular representation:

Download the high resolution image

Fold predicted structure, based on CMCT reactivities - linear representation

Download the high resolution image


Other secondary structure predictions methods and visualisations

Reactivity mapping to structures predicted by other methods are also ready to display or download. Secondary structure to display and copy to clipboard, links to external tools (SimRNAweb )

Analysis mode: cmct; outfilename core: Adenine_Riboswitch_CMCT_adenine_1_to_CMCT_adenine_3_mean_cmct_mode.